Na początku był chaos, czyli założone w roku 1984 Green River, do którego należeli: Jeff Ament, Mark Arm, Seve Turner i Alex Shumway. Niedługo po wydaniu płyty Deep Six do grupy dołączył Stone Gossard. Przez cztery lata zespół znakomicie odzwierciedlał wydarzenia z ówczesnej sceny muzycznej Seattle. Zaraz przed wydaniem Rehab Doll atmosfera w zespole zaczęła się jednak psuć. Pięcioro przyjaciół zdecydowało się rozstać. Mark z Sevem założyli Mudhoney a Jeff, Stone, Gary Gilmour i Adrew Wood: Lords Of The Wasteland, które potem przemianowano na Mother Love Bone.
W roku 1990 od przedawkowania heroiny ginie Andrew Wood. Dla uczczenia twórczości Wooda, jego przyjaciele zakładają Temple Of The Dog (podobno Andy’ego nazywano właśnie Dog) i zaledwie w piętnaście dni nagrywają płytę o tym samym tytule.
Wkrótce potem drogi Jeffa i Stone’a splotły się ponownie. Razem z Mikiem McCready i Mattem Cameronem (wówczas bębniarzem Soundgarden) zaczęli grać nieme wersje piosenek, m.in. Dollar Short (pierwotne wykonanie Alive). Niewiele później Matta na perkusji zastępuje Dave Krusen. Pozostało tylko znalezienie dobrego wokalisty, który napisałby słowa do granych przez artystów utworów. Wokalista ten nie miał w żadnym stopniu przypominać Andy’ego, miał on być zupełnie innź osobą. Na jednym z koncertów Eddie Vedder (właściwie Edward Louis Severson III) poznaje Jacka Ironsa, (niegdyś perkusistę Red Hot Chili Peppers). Ten przedstawia mu zaistniałą sytuację i podsuwa demo byłych muzyków formacji Mother Love Bone. Ed, po całonocnym słuchaniu muzyki, pisze trzy znakomite teksty: Footsteps, Once i Alive. Dogrywa do piosenek wokal i wysyła taśmy do Seattle. Wkrótce dostaje odpowiedź, iż został zaproszony do współpracy. Chłopaki odbierają go z lotniska i natychmiast zabierają do sali prób, która znajdowała się w piwnicy jednej z galerii.
Od tej chwili sprawy potoczyły się już szybko. Z początku grupa miała się nazywać Mookie Blaylock (od nazwiska ich ulubionego koszykarza), lecz okazało się iż nazwa ta jest niezgodna z prawem i trzeba ją zmienić - więc panowie decydują się nazwać Pearl Jam. Nie marnują czasu i wyruszają jako support Alice in Chains w trasę koncertową w styczniu 1991 roku. Publiczność wręcz zostaje oczarowana brzmieniem gitar i bębnów a wszystko to w dość przecudowny sposób dopełniał bardzo charyzmatyczny, czasem spokojny a czasem wściekły głos Veddera. Wkrótce zespół postanawia wszystko to utrwalić na płycie i podpisuje kontrakt z wytwórnią Epic. Pod czujnym okiem producenta Ricka Parshala, który to m.in. wypromował zespół Soundgarden, zespół wkracza do studia w Seattle. W międzyczasie Stone, Jeff i Eddie przyjmują propozycję reżysera Camerona Crowe zagrania małych ról w romantycznej komedii Singles.
Przez niespełna dwa miesiące ciężkiej pracy zostaje nagranych jedenaście bardzo klimatycznych i surowych utworów. 28 sierpnia 1991 roku pojawia się w sklepach pierwszy album zespołu zatytułowany Ten. Symbolizuje on liczbę rąk, które stworzyły tą właśnie płytę. Większość tekstów opowiada faktyczne sytuacje z życia Veddera (np. Why Go mówi o znajomej Edda przyłapanej na paleniu trawy). Zaraz po nagraniu płyty perkusista Dave Krusen dość nieoczekiwanie opuszcza zespół. Pojawiło się sporo plotek co do tego, iż Dave’a bardziej pociągały narkotyki niż muzyka, ale jak się później okazało to problemy rodzinne uniemożliwiły mu współpracę z zespołem. Znalezienie nowego perkusisty nie było wcale takie proste. Żeby wywiązać się z wszystkich terminów na trasie koncertowej zespół chwilowo zatrudnia Matta Chamberlaina z The New Bohemians. Matt kręci jeszcze z zespołem klip do Alive, po czym zastępuje go Dave Abbruzzese z grupy funkowej Dr. Tongue.
Pearl Jam bierze też udział przy wspólnym nagrywaniu płyty Sweet Relief będącej hołdem dla chorej Victorii Williams. Panowie tworzą cover piosenki Crazy Mary. Dochody ze sprzedaży albumu były przeznaczone na leczenie Victorii. W niedalekiej przyszłości pomogły jej także założyć fundację na rzecz artystów, których spotkał podobny los.
W 1993 roku zespół wchodzi do studia z myślą nagrania nowego albumu. Muzycy starali się nie ulegać żadne presji i nagrać dokładnie to, co chcieliby przekazać. Muzyka jaką stworzyli jest o wiele dojrzalsza, ostrzejsza i w znacznym stopniu różni się od poprzedniego albumu. Pierwotnie płyta miała się nazywać Five againts one, następnie przemianowano ją na Pearl Jam, lecz i ta nazwa nie odpowiadała muzykom. W rezultacie pierwszy nakład płyty wyszedł bez tytułu. Dopiero potem ustalono, że krążek przyjmie nazwę Vs (Versus - przeciwko). Tytuł można tłumaczyć jako bunt zespołu przeciw producentom, wytwórniom płytowym i fanom, którzy wywierali na nich dużą presję. Droga, którą musieli pokonać była dla muzyków zdecydowanie za męcząca...
Rozpoczęły się kolejne trasy koncertowe i kolejne wywiady. Vs znalazło się na 38 miejscu wśród najlepiej sprzedających się płyt roku 1993. Sprzedano około miliona egzemplarzy. Zespół został uhonorowany licznymi nagrodami, m.in. w magazynie Rolling Stone – za najlepszego artystę roku, najlepszy zespół, najlepszego wokalistę i nadzieję 1994 roku, najlepszego autora tekstów, najlepszy teledysk (Jeremy) i za męski symbol seksu (dla Eddiego).
8 kwietnia 1994 roku śmierć Cobaina przybiła do ściany tak samo członków zespołu jak i całą scenę z Seattle. Vedder był tak wstrząśnięty, że w pierwszej chwili chciał na zawszę rozstać się z muzyką. Potrzebował wielu tygodni wakacji żeby wrócić do normalnego życia. Od tego czasu Eddie zmienił się nie do poznania. Stał się bardziej agresywny i zamknięty w sobie, miał gdzieś cały świat, nie udzielał wywiadów, a przy każdym koncercie zaczęła towarzyszyć mu butelka wina.
6 maja 1994 roku Pearl Jam wystosował wniosek przeciwko firmie Ticketmaster zajmującą się dystrybucją biletów na koncertach. Chodziło o to, iż firma pobierała zbyt wysokie opłaty manipulacyjne i celowo podwyższała ceny biletów czerpiąc z tego duże zyski. Ticketmaster miał też podpisane umowy z większością stadionów w Ameryce. Blokował przez to pozostałe firmy i znalezienie innego, alternatywnego dystrybutora było wręcz niemożliwe. Z tym problemem borykało się wiele zespołów, ale jako pierwszy Pearl Jam wystąpił z tą sprawą do sądu. Cały proces zakończyła się w 1995 roku. Sąd uznał, iż nie popełniono żadnego przestępstwa i uniewinnił Ticketmaster. Pearl Jam podziękował jednak panom i podpisał umowę z niezależną firmą ETM Entertainement Network.
Z racji tego, iż zespół nie miał zaplanowanej trasy koncertowej na lato panowie mieli trochę wolnego czasu na swoje prywatne sprawy. Eddie w lipcu poślubia swoją partnerkę Beth Liebling. Uroczystość odbyła się w Rzymie, w tajemnicy przed wścibskimi dziennikarzami i fanami. Stone zaś spełnia swoje największe marzenie i zakłada własną wytwórnie płytową o nazwie Loosegroove Records.
16 sierpnia z zespołu odchodzi perkusista Dave Abbruzzese. Oficjalnej przyczyny zwolnienia nie znamy, lecz, jak wielu sądzi, chodziło o słabość perkusisty do sławy. Udzielał wywiadów, często był pokazywany na pierwszych stronach gazet, korzystał z życia jak tylko mógł, a jego gwiazdorskie zachowanie nie podobało się i nie pasowało do pozostałych członków zespołu.
W grudniu 1994 roku ukazuje się trzeci album studyjny zatytułowany Vitalogy. Nagrywany był on w studiach z całych Stanów wiosną 1994 roku. Jest on niewątpliwie przesączony emitującą melancholią. Przyczyniła się ku temu samobójcza śmierć Kurta, która wstrząsnęła wszystkimi do tego stopnia, iż trudno było śpiewać z entuzjazmem. Drugim, niemniej ważnym czynnikiem była niepewna sytuacja zespołu, który mógł się rozpaść w każdej chwili. Sam Mike McCready miał poważne problemy z alkoholem. Dopiero po namowie kolegów zwrócił się po pomoc do ośrodka odwykowego. 24 grudnia Vitalogy znalazła się na szczytach amerykańskich list przebojów sprzedając rekordową liczbę egzemplarzy, 900.000 w tydzień.
8 stycznia 1995 roku Eddie prowadzi 4,5 godzinną nocną audycję w Self-polution Radio. Audycja jest nadawana z domu muzyka i za pomocą satelity sygnał przesyłany jest do lokalnych stacji. W programie zaprezentowano występy na żywo zespołów: Mudhoney, Soundgarden, The Fastbacks i oczywiście Pearl Jam. Eddie puszczał także swoje ulubione kawałki.
14 i 15 stycznia 1995 roku zespół gra dwa koncerty na rzecz charytatywnej organizacji Vote for Choince w Washington Constittution Hall. To właśnie tutaj w zespole debiutuje Jack Irons z Red Hot Chili Peppers (to on kilka lat temu przedstawił Eddiego Jeffowi i Stone’owi).
27 lipca 1995 roku ukazuje się wspólny album zespołu z Neilem Youngiem, zatytułowany Mirrorball. Przynosi on jedenaści kompozycji, w tym jedną, Peace and love, do tekstu Eddiego. Producentem płyty zostaje Brendan O’Brien.
Rok 1995 był dla zespołu dość dziwnym okresem. Z jednej strony płyty osiągały rekordowe nakłady (Ten 9 mln, Vs 6 mln, Vitalogy 6,5 mln ), z drugiej zaś próby koncertowania bez pomocy firmy Ticketmaster zakończyły się niepowodzeniem. Na początku 1996 roku Eddie Vedder bierze udział w nagrywaniu ścieżki dźwiękowej do filmu Tima Robbinsa Dead Man Walking. Jest to poruszający film o wartości ludzkiego życia. Eddie wraz z N.F. Ali Khanem nagrywają dwa utwory: The face of love i The long road. Reżyser wplata ciche i smutne głosy wokalistów podczas dziania się akcji filmu.
Pod koniec sierpnia 1996 roku ukazuje się kolejny krążek zespołu zatytułowany No Code. Nagrywana była ona już w całości z perkusistą, Jackiem Ironsem. Płyta jest mieszanką różnych stylów muzycznych, dziwnych ballad oraz ostrych kawałków, mogących się podobać dopiero po wielokrotnym przesłuchaniu. Krążek dość szybko trafił na szczyty list przebojów, jednak zainteresowanie nim równie szybko spadło. Powodów mogło być wiele – płyta najprawdopodobniej jednak nie trafiła w panujące wówczas muzyczne preferencje. Zespół nie zgodził się także na wydrukowanie nazwy na okładce, co niewątpliwie, dla zwykłego słuchacza, mogło stanowić problem w zidentyfikowaniu płyty. Także i tym razem nie udzielano wywiadów, oraz nie zdecydowano się na nakręcenie wideoklipu, choćby promującego album.
Po dość nieudanym przyjęciu płyty zaczęła się pewnego rodzaju nagonka na zespół. Wszystko zapoczątkował artykuł magazynu Rolling Stone, w którym to w dość znamienny sposób wypowiadano się o Eddiem. Oskarżano go m.in. o to, iż zdominował zespół, a pozostali członkowie grupy żyją w ciągłym strachu przed jego odejściem. Kwestionowano też burzliwą i pełną niepowodzeń młodość Veddera – cała ta historia miała podobno służyć za dobrą okazję do wypromowania zespołu.
Następna fala krytyki nadeszła za sprawą samych muzyków. Jako pierwszy wystąpił Johnny Rotten, nazywając Pearl Jam oraz Soundgarden żałosnymi zespołami na wykończeniu. Oskarżano zespół, iż potrafi tylko wykrzykiwać dumne hasła, narzekać, buntować, nazywano ich kiepskimi politykami, którzy za sprawą muzyki chcą obalić republikanów... Co ciekawe w obronie Pearl Jam stanęły osoby, po których najmniej by się tego spodziewano, np. Krist Novoselic (basista Nirvany) “Wskrzesili Kurta, żeby spoliczkować jednego z największych liderów środowiska. Ta agresja i brak szacunku doprowadza mnie do szału.
Jesienią zespół wyrusza w tournee po Ameryce i Europie, nie pomijając przy tym Polski. Koncert odbywa się 1 listopada na warszawskim Torwarze. W 1996 roku ma miejsce także premiera Hype! Jest to film dokumentalny opowiadający o scenie z Seattle. Wypowiedzi muzyków poprzeplatane są nagraniami z koncertów 24 grunge’owych kapel. Film ukazuje dość ważny fakt - że grunge nie zaczął się od Nirvany! Piosenka Not for you, nagrana na żywo podczas audycji z Self pollution Radio, znalazła się na soundtracku do filmu.
W 1998 roku zostaje wydany piąty album zespołu zatytułowany Yield. Był on reklamowany jako powrót stylem do takich klasyków jak Led Zeppelin czy The Doors. Płyta sprzedaje się dość dobrze i dostaje miano platynowej. Na pewno przyczyniła się ku temu odpowiednia promocja – tym razem zespół decyduje się na dość obszerną kampanię reklamową. Zostaje także wydany animowany klip do Do the evolution.
4 sierpnia zostaje wydany Single video theory. Jest to film nagrany w sali prób zespołu, podczas sesji przygotowawczej do nagrania Yield. Między piosenkami sfilmowano wypowiedzi muzyków. Pod koniec listopada ukazuje się także pierwsza kompilacja koncertowa Live on two legs. Zawiera ona utwory grane podczas letniej trasy zespołu w 1998 roku. Płyta nie wzbudziła jednak szerszego zainteresowania, a wręcz mogła co niektórych zniechęcić i rozczarować.
Wiosną roku 1999 zespół stawia się w studiu nagraniowym Gossarda Litho w Seattle, by już we wrześniu zacząć nagrywać nowy album Binaural. Podobnie jak w przypadku Yield materiał nagraniowy był tworzony przez wszystkich członków zespołu. Zespół postanowił zatrudnić nowego producenta - Tchada Blake, miksowaniem zaś zajął się O’Brien. Płyta Binaural trafia do sklepów 16 maja 2000 roku, a zespół ogłasza już oficjalnie, że Matt Cameron jest nowym perkusistą zespołu. Album sprzedaje się w około 700 tysiącach egzemplarzy i jako pierwszy album Pearl Jam nie uzyskuje miana nawet platynowej płyty
W 2000 roku po raz pierwszy zespół zdecydował się wydawać oficjalne bootlegi po każdym koncercie. Zmęczył nas widok oddanych fanów zwierzających się z ekscytacją: ‘Zdobyłem jeden z waszych koncertów na CD’ - po czym okazywało się to fatalnym piratem z Belgii, który kosztował 18 dolarów. Zdecydowaliśmy sami wydawać płyty koncertowe. – mówi Jeff Ament. Do sklepów trafiają siedemdziesiąt dwa albumy obejmujące wszystkie zapisy koncertów z tourne 2000 z wyłączeniem tragicznego koncertu w Roskilde i kilku koncertów klubowych, przeznaczonych dla małej rzeszy fanów. Każdy z dwupłytowych albumów koncertowych kosztuje niecałe 13 dolarów dla członków fanclubu i 15 dla pozostałych chętnych. Płyty są pakowane w kartonowe koperty, tak jakby był to papier z odzysku i posiadają dość ubogą grafikę. Osiemnaście płyt zostało przez zespół wyróżnionych specjalnym znakiem człowieka i małpy, w tym jeden z koncertów w Spodku (z 16 czerwca 2000r.). Po zakończeniu trasy Binaural zespół wydaje video Touring Band 2000.
Po amerykańskich atakach terrorystycznych 11 września 2001r. na budynki WTC Eddie Vedder wraz z Mikiem McCready przyłączają się do Neila Younga i razem na koncercie charytatywnym America: A Tribute to Heroes grają na rzecz rodzin ofiar tej tragedii.
19 kwietnia 2002 roku w swoim domu, po przedawkowaniu kokainy i heroiny, zostaje znaleziony martwy Layne Staley. Eddie wstrząśnięty tą tragedią pisze piosenkę zatytułowaną "4/20/02". Zostaje ona umieszczona dopiero w 2003 roku na hidden tracku w japońskiej wersji Lost dogs.
11 listopada ma miejsce premiera kolejnego albumu zespołu – Riot Act. Album sprzedaje się w 500.000 kopii w pierwszym tygodniu od premiery. Zespół kontynuuje dalej swoją politykę związaną z bootlegami. Tym razem wchodzi w grę kilkadziesiąt sztuk z trasy po Australii, Japonii i Ameryce. W sumie 73 tytuły. Najciekawszy może okazać się zapis pierwszego występu Stanach, 1 kwietnia w Denver. Eddie postanowia zaprotestować tego dnia przeciw atakowi na Irak. Utwór Bu$hleaguer wykonał w masce przedstawiającej przywódcę swojego kraju, potem nadział ją na statyw od mikrofonu a następnie cisnął na deski sceny. Nowością jest sposób dystrybucji bootlegów: rzecz nie jest dostępna w sklepach – poza kilkoma wybranymi pozycjami, nie trzeba czekać na zakończenie trasy. Wybrany koncert zamawiamy przez Internet, na oficjalnej stronie zespołu www.pearljam.com . Natychmiast przychodzi link umożliwiający ściągnięcie niemasterowanego materiału w formie mp3 lub .flac. Jeśli zamawiamy CD powinien on przyjść do tygodnia. Wszystko to po dość przyzwoitych cenach.
W czerwcu 2003 roku zespół po dwunastu latach kończy współpracę ze swoim dotychczasowym wydawcą, Sony Music - Epic Records. Nieoficjalnie wiadomo, że po odejściu Tommy'ego Mottoli ze stanowiska szefa Sony Music członkowie zespołu niekorzystnie wypowiadali się na temat zmian w kierownictwie firmy. Oficjalnie powodem odejścia Pearl Jam z Epic nie są jednak żadne niejasne sytuacje pomiędzy wytwórnią a zespołem, a fakt, że muzycy wypełnili już warunki kontraktu, jaki wiązał ich z firmą.
We wrześniu zespół nagrał utwór "Man Of The Hour", który znalazł się na ścieżce dźwiękowej do filmu Tima Burtona zatytułowanego "Big Fish". Zespół zrobił to na prośbę samego reżysera, który widział kilka koncertów Pearl Jam i zdecydował, że to właśnie tych muzyków zaprosi do nagrania utworu, który będzie rozbrzmiewał podczas końcowych napisów. Pearl Jam zagrał ten utwór po raz pierwszy podczas koncertu charytatywnego, który odbył się 22 października w Seattle. Album ze ścieżką dźwiękową z "Big Fish" ukazuje się dopiero 23 grudnia.
Pod koniec 2003 roku zostaje wydany dwupłytowy album – Lost Dogs z rarytasami, oraz utworami, które nie weszły na wcześniejsze albumy studyjne. Na rynku ukazuję się także Live at the garden – zapis video koncertu z 8 lipca 2003 w Madison Square Garden.
19 listopada 2004 roku ukazuje się wydawnictwo "Rearviewmirror (Greatest Hits 1991-2003)", które zawiera 33 utwory. Pojawienie się tej płyty na rynku to raczej inicjatywa wytwórni Epic, dla której zespół nagrywał, aniżeli samych członków zespołu.
W 2005 roku, po dwóch latach przerwy zespół wyrusza w kolejną trasę koncertową po Kanadzie i USA, gdzie prezentuje swoje dwa utwory, które ewentualnie mogą się pojawić na nowym krążku -"Crapshoot Rapture" (później zmieniono tytuł na "Comatose") i Gone. Pearl Jam gra także charytatywny koncert na rzecz ofiar huraganu Katrina.
22 listopada Pearl Jam wyrusza w swoją pierwszą trasę po Ameryce Łacińskiej i gra tylko osiem koncertów w czterech krajach: Chile, Argentynie, Brazylii i Meksyku. Podczas tournee Eddie wspomina swojego przyjaciela Johny'ego Ramone – gitarzystę zespołu The Ramones - który zmarł w 2004 roku na raka. W hołdzie dla Johny'ego zespół na każdym koncercie gra utwór I Believe In Miracles.
W lutym 2006 roku zespół podpisuje umowę z wytwórnią J Records, która jest częścią Sony BMG. 2 maja 2006 roku zostaje wydany ósmy album zespołu Pearl Jam. Zawiera on wcześniej wydane single: "Life Wasted", "World Wide Suicide" (dociera do pierwszego miejsca Billboard Modern Rock ) oraz "Gone". 14 maja Pearl Jam promuje “World Wide Suicide" i "Severed Hand w programie Saturday Night Live, w którym ostatnio wystąpili w 1994 roku. Zespół wyrusza także w trasą koncertową po USA, Europie oraz Australii.